CRLF -> LF

# вариант с sed. Что-бы получить символ '^M' нужно использовать 'Ctrl+V Ctrl+M'
$ sed 's/^M$//' input.txt > output.txt

# или
$ tr -d '\r' < input.file > output.file

LF -> CRLF

$ sed 's/$'"/`echo \\\r`/" input.txt > output.txt

в nix можно установить утилиту dos2unix